Le contrôleur établit un programme de contrôle a posteriori en fonction des risques identifiés, qui peuvent porter sur la qualité de la comptabilité budgétaire tenue ou le caractère soutenable de la prévision budgétaire et de son exécution. Il se fonde sur les risques qu'il constate dans l'exercice de ses missions, ou lors des travaux relatifs au contrôle interne budgétaire, ou dans les conclusions d'audits.
Ce contrôle peut porter notamment sur des actes, des groupes d'actes, des natures d'actes ou de dépenses, ou des circuits et procédures de dépenses et de recettes.
Après avis du directeur, le contrôleur transmet au groupement le programme de contrôle et l'informe, le cas échéant, des agents placés sous l'autorité du ministre chargé du budget qui l'assisteront.
Le groupement est tenu de communiquer au contrôleur et aux personnes qui l'assistent tous les documents nécessaires à la réalisation du contrôle a posteriori au plus tard dans le délai d'un mois.
Les conclusions et recommandations éventuelles du contrôleur sont transmises au directeur et, le cas échéant, au ministre chargé du budget et au commissaire du Gouvernement.
Le directeur indique les mesures qu'il entend mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés.
Dans les conditions prévues à l'article 10, le contrôleur peut à tout moment procéder au contrôle a posteriori d'un acte particulier non soumis à avis ou visa préalables.