L'exploitant met en place un programme de surveillance des eaux souterraines en respectant les principes énoncés à l'annexe II du présent arrêté. Ce programme est détaillé dans l'arrêté préfectoral d'autorisation. Notamment, l'exploitant installe autour des zones de stockage ou d'entreposage de déchets radioactifs un réseau de contrôle de la qualité du ou des aquifères susceptibles d'être pollués par l'installation d'entreposage ou de stockage.
Les résultats des mesures sont transmis à l'inspection des installations classées au moins une fois par an. Néanmoins, la fréquence peut être adaptée par l'arrêté préfectoral d'autorisation conformément aux dispositions du II de l'article 2. Dans le cas où une dégradation significative de la qualité des eaux souterraines est observée, l'exploitant en informe sans délai le préfet et met en place un plan d'action et de surveillance renforcée.