Le règlement intérieur du comité des opérateurs du réseau, qui fixe ses modalités d'organisation et de fonctionnement, est adopté par le comité et approuvé par arrêté du ministre chargé des transports.
Il prévoit en particulier :
- la création au sein du comité de groupes thématiques, dont il définit la composition et les objectifs ;
- les conditions dans lesquelles le comité peut être saisi à fin de règlement amiable, sans préjudice des compétences exercées par l'Autorité de régulation des activités ferroviaires ou des voies de recours prévues par les lois, règlements et contrats, des différends afférents à l'interprétation et à l'application de la charte.
Il prévoit également que des représentants de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires, de la SNCF et du ministre chargé des transports peuvent être invités à participer, en qualité d'observateurs, aux réunions du comité des opérateurs du réseau.