Le département des affaires générales assure le traitement et la coordination des sujets qui concernent l'ensemble du service, sans préjudice des compétences des pôles d'expertise. Il veille au bon fonctionnement du service et, à ce titre, est notamment chargé :
- de la gestion des fonctions support ;
- de la préparation des consultations auprès des prestataires extérieurs ;
- des relations avec les organismes extérieurs tels que l'Agence de services et de paiement, ainsi qu'avec les corps de contrôle ;
- de l'exécution du programme budgétaire qui porte les crédits du fonds de soutien créé par l'article 92 de la loi du 29 décembre 2013 susvisée.
Il assure également le secrétariat du Comité national d'orientation et de suivi mentionné à l'article 10 du décret du 29 avril 2014 susvisé.