Afin de garantir l'unité et l'efficacité de l'action de l'Etat dans les territoires, les établissements publics de l'Etat ayant une représentation territoriale ou qui concourent à la mise en œuvre des politiques publiques au niveau territorial conduisent leur action, sous la coordination du préfet, en cohérence avec celle des services déconcentrés des administrations civiles de l'Etat.
Dans cet objectif, sous réserve des dispositions législatives et réglementaires précisant le rôle du préfet à l'égard de certains établissements publics, le préfet, ou, par délégation, un sous-préfet ou un chef de service déconcentré de l'Etat peut être désigné délégué territorial d'un établissement public de l'Etat.
A défaut, sans préjudice des dispositions législatives et réglementaires régissant le fonctionnement des établissements publics, et à l'exception des établissements mentionnés à l'article 2 de la loi n° 86-33 du 9 janvier 1986 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique hospitalière et des établissements d'enseignement, le ou les préfets territorialement compétents sont consultés sur la désignation du responsable territorial de l'établissement public de l'Etat ainsi que sur son évaluation professionnelle.
Les responsables territoriaux des établissements publics de l'Etat participent, à la demande du préfet ou à leur propre demande, aux instances de collégialité des chefs des services déconcentrés de l'Etat en région ou dans le département.
Les préfets intègrent les actions conduites par les établissements publics de l'Etat au sein des schémas ou documents stratégiques élaborés par les services de l'Etat. Lorsqu'une convention d'objectifs et de moyens, passée au niveau national entre l'Etat et l'opérateur, le prévoit, le préfet et le responsable territorial de l'établissement public de l'Etat signent une convention de déclinaison territoriale.