La commission se réunit, à l'initiative de son président, au moins une fois par mois, dans la mesure où elle est saisie de dossiers à examiner.
Elle ne peut valablement délibérer que lorsque la moitié de ses membres est présente. Si le quorum n'est pas atteint, la commission est à nouveau convoquée dans les quinze jours et peut alors valablement délibérer sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Un secrétaire de séance est désigné par le directeur de la Caisse nationale militaire de sécurité sociale parmi les agents de la caisse.