Il est procédé à l'expiration de la période prévue pour chaque projet retenu à une évaluation par un tiers de sa mise en œuvre, au regard notamment de l'impact social, économique et environnemental du pôle territorial de coopération économique.
Les ministères qui contribuent au financement d'un projet et la Caisse des dépôts et consignations constituent un comité de suivi pour chaque pôle territorial de coopération économique. Ce comité, qui se réunit au moins deux fois par an, peut être composé localement ou avoir des relais locaux.
Le versement échelonné de l'aide attribuée peut être suspendu dans le cas d'une mise en œuvre du projet non conforme aux objectifs fixés et aux engagements pris par le pôle territorial de coopération économique dans sa réponse à l'appel à projets.
Les modalités de l'évaluation et du suivi, notamment de leur financement, sont précisées dans une convention passée entre le représentant des financeurs et le pôle territorial de coopération économique.