Le conseil d'administration comprend quarante membres ainsi répartis :
1° Quatre représentants de l'Etat :
a) Le directeur général de l'enseignement et de la recherche au ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ;
b) Le vice-président du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux au ministère chargé de l'agriculture ou son représentant ;
c) Le directeur général de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
d) Le directeur général de la recherche et de l'innovation au ministère chargé de la recherche ou son représentant ;
2° Dix-huit administrateurs représentant des établissements d'enseignement supérieur ou de recherche membres de l'institut, dont neuf représentants des établissements d'enseignement supérieur et neuf représentants des établissements de recherche, désignés selon des modalités fixées par un arrêté des ministres de tutelle ;
3° Une femme et un homme représentatifs des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'institut, nommés par arrêté des ministres de tutelle ;
4° Six représentants élus des personnels exerçant leurs fonctions dans l'institut ou dans un établissement d'enseignement supérieur membre de l'institut :
a) Deux représentants des professeurs de l'enseignement supérieur et personnels assimilés ou leurs suppléants ;
b) Deux représentants des maîtres de conférences et assimilés et des autres enseignants ou leurs suppléants ;
c) Deux représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ;
5° Six représentants élus des personnels exerçant leurs fonctions dans un établissement de recherche membre de l'institut :
a) Deux représentants des directeurs de recherche et des chercheurs remplissant des fonctions analogues ou leurs suppléants ;
b) Deux représentants des chargés de recherche et des chercheurs remplissant des fonctions analogues ou leurs suppléants ;
c) Deux représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service ou leurs suppléants ;
6° Quatre représentants élus des étudiants qui suivent une formation, dont l'un en doctorat, dans les établissements d'enseignement supérieur membres de l'institut ou leurs suppléants.
Le conseil d'administration élit son président et son vice-président, en son sein, parmi les administrateurs visés aux 2° et 3°. Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci. Les fonctions de président du conseil d'administration sont incompatibles avec celles de directeur de l'institut.