La mission est chargée d'un rôle d'information, de conseil et de contrôle en matière économique et financière auprès de la SNCF, de SNCF Réseau et de SNCF Mobilités ainsi que des sociétés dans lesquelles un ou plusieurs de ces établissements publics détiennent plus de la majorité du capital ou dont plus de la majorité du capital est détenu, ensemble ou séparément, par ceux-ci ou par les sociétés ayant elles-mêmes, dans les mêmes conditions, un lien de filiation direct ou indirect avec l'un d'eux.
Des modalités spéciales d'exercice du contrôle sont fixées, en tant que de besoin, notamment pour les filiales, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'économie, du budget et des transports.
La mission fait connaître son avis par des notes et rapports adressés aux ministres chargés de l'économie, du budget et des transports, ainsi qu'à la direction de chaque établissement public concerné.
Elle peut se faire assister par des personnes ou des organismes extérieurs, spécialisés dans les techniques de contrôle et d'évaluation. Elle en informe préalablement les trois ministres concernés ci-dessus.