Le secrétaire général est nommé par décret. Il rend compte au ministre des affaires étrangères et du développement international, à la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie et à la secrétaire d'Etat auprès du ministre des affaires étrangères et du développement international, chargée du développement et de la francophonie.
Il dispose de personnels mis à disposition par le ministère des affaires étrangères et du développement international, le ministère de l'écologie, du développement durable et de l'énergie et, le cas échéant, par d'autres ministères. Il peut faire appel, en tant que de besoin, aux services des ministères concernés.
Il est rattaché, pour sa gestion administrative, au ministre des affaires étrangères et du développement international (direction générale de l'administration et de la modernisation).
Sans préjudice des compétences dévolues au responsable de programme et au responsable de la fonction financière ministérielle, et dans le respect des dispositions du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, le secrétaire général, associé à la programmation des crédits octroyés en loi de finance pour l'accueil par la France de la COP 21/CMP 11, coordonne leur gestion et en rapporte l'exécution.