Le ministre chargé des ports maritimes peut, par arrêté pris après avis du conseil d'administration, confier au port autonome, au titre de services annexes, la gestion d'un service maritime ou d'un service de navigation dont il définit la consistance.
Pour cette gestion, le directeur relève directement de l'autorité du ministre chargé des ports maritimes et le personnel du port autonome agit pour le compte de l'Etat.