Le port autonome est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185, 204 à 208 et 220 à 228.
Il est élaboré un plan comptable commun, applicable à l'ensemble des ports autonomes.
Ce plan comptable détermine notamment :
1° Les règles applicables en matière d'évaluation et de réévaluation des immobilisations ;
2° La nature des immobilisations amortissables qui devront être individualisées au bilan ;
3° Les règles de calcul des amortissements et des provisions ;
4° Les méthodes d'évaluation des stocks ;
5° Les normes d'élaboration de la comptabilité analytique d'exploitation, de manière à assurer la connaissance de prix de revient établis sur les bases homogènes.
Le plan comptable est approuvé par arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé des finances, après avis de l'Autorité des normes comptables.