Les limites de la circonscription d'un port autonome peuvent être modifiées sur proposition du conseil d'administration par décret en Conseil d'Etat dans les conditions prévues à l'article R. 5313-2 et selon la procédure d'instruction définie ci-après.
Le directeur du port autonome établit un dossier à soumettre à l'instruction qui comporte :
1° La description des limites futures de circonscription du port et la justification des modifications envisagées ;
2° Un plan sur lequel figure le périmètre de l'établissement autonome, tant du côté de la mer que du côté des terres, faisant apparaître les modifications qu'il est envisagé d'apporter aux limites existantes ;
3° La liste des collectivités publiques, des services et établissements publics intéressés.
Le dossier, après accord du conseil d'administration, est soumis sans délai à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes. Celui-ci invite le directeur du port autonome à procéder à l'instruction, sans consultation de la commission nautique locale ni ouverture d'une instruction mixte.
Dans le délai de quinze jours suivant la clôture de l'instruction, le directeur du port autonome adresse le dossier, complété par les avis émis et, à défaut, les justificatifs des consultations, et le rapport d'instruction au ministre chargé des ports maritimes et au préfet de région.