Le directoire établit un règlement intérieur qui organise son fonctionnement.
Les membres du directoire peuvent, avec l'autorisation du conseil de surveillance, se répartir entre eux les tâches de la direction. Toutefois, cette répartition ne peut, en aucun cas, avoir pour effet de retirer au directoire son caractère d'organe assurant collégialement la direction du grand port maritime.
Les décisions du directoire sont prises à la majorité des membres présents, le directoire ne délibérant valablement que si la moitié au moins de ses membres sont présents, dont le président.
En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Les décisions du directoire sont constatées par des procès-verbaux conservés dans un registre spécial. Ces procès-verbaux sont signés par le président.