Les articles R. 5333-3 à R. 5333-5, les premier, deuxième et dernier alinéas de l'article R. 5333-8, les articles R. 5333-10, R. 5333-11, R. 5333-16 et le deuxième alinéa de l'article R. 5333-21 ne sont pas applicables aux navires appartenant aux forces armées françaises ou étrangères, ou utilisés par celles-ci.
Toutefois, le représentant local de la marine nationale informe l'autorité investie du pouvoir de police portuaire de l'entrée et de la sortie des navires appartenant aux forces armées françaises ou étrangères, ou utilisés par celles-ci, afin que cette autorité puisse régler l'entrée et la sortie des navires, bateaux et engins flottants en fonction des besoins militaires.
Les dérogations aux autres dispositions du présent règlement dont peuvent bénéficier les navires appartenant aux forces armées françaises ou étrangères, ou utilisés par celles-ci, sont accordées d'un commun accord par le représentant local de la marine nationale et, selon leur objet, par l'autorité portuaire ou l'autorité investie du pouvoir de police portuaire.