Le contrôleur budgétaire établit un programme de contrôle a posteriori en fonction des risques identifiés qui peuvent porter sur la qualité de la comptabilité budgétaire tenue ou le caractère soutenable de la prévision budgétaire et de son exécution. Il se fonde sur les risques qu'il constate, dans l'exercice de ses missions, lors des travaux relatifs au contrôle interne budgétaire ou dans les conclusions d'audits.
Ce contrôle peut porter notamment sur des actes, des groupes d'actes, des natures d'actes ou de dépenses, ou des circuits et procédures de dépenses et de recettes. Il peut conduire à examiner des actes ayant déjà fait l'objet d'un visa ou avis préalable, sans pour autant que le visa ou la nature de l'avis puisse être remis en cause.
Après avis de l'ordonnateur, le contrôleur budgétaire transmet à l'organisme le programme de contrôle et l'informe, le cas échéant, des agents placés sous l'autorité du ministre chargé du budget qui l'assisteront.
L'organisme est tenu de communiquer au contrôleur budgétaire et aux personnes qui l'assistent tous les documents nécessaires à la réalisation du contrôle a posteriori au plus tard dans le délai d'un mois.
Les conclusions et recommandations éventuelles du contrôle sont transmises à l'ordonnateur et, le cas échéant, au ministre chargé du budget et au ministre chargé de l'enseignement supérieur.
L'ordonnateur indique les mesures qu'il entend mettre en œuvre pour pallier les risques ou défaillances identifiés.
Dans les conditions précisées dans le document prévu à l'article 10, le contrôleur budgétaire peut à tout moment procéder au contrôle a posteriori d'un acte particulier non soumis à avis ou visa.