Après concertation avec l'ordonnateur, le contrôleur budgétaire établit un document précisant les instances auxquelles il peut assister et fixant la liste détaillée des actes soumis à visa ou avis, les montants des seuils de visa ou d'avis, le format des documents et états à transmettre ainsi que la périodicité et les modalités de leur transmission. Il fixe également les modalités d'accès du contrôleur, en tant que de besoin, au système d'information de l'ANR.
Ce document est transmis à l'ordonnateur, à l'agent comptable, au ministre chargé du budget et au ministre chargé de la recherche.