La procédure d'accréditation de l'institut à la délivrance des diplômes nationaux repose sur l'instruction, par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et le ministre chargé de l'agriculture, d'un dossier transmis par le directeur de l'institut. Ce dossier est accompagné de la délibération du conseil d'administration du Centre international de hautes études agronomiques méditerranéennes.