La commission est saisie par son président ou sur demande écrite signée par la moitié au moins des représentants titulaires du personnel de toute question relevant de sa compétence. Elle émet un avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition adoptée. Les abstentions sont admises.
Lorsque le directeur général de l'agence de l'eau prend une décision contraire à l'avis ou à la proposition émis par la commission, il informe par écrit la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre la proposition ou l'avis émis. Les séances des commissions ne sont pas publiques.