Les groupes de contrôle sont :
- le groupe de contrôle des forces, du soutien et des systèmes d'information (FSI) ;
- le groupe de contrôle de l'armement, du maintien en condition opérationnelle et des exportations (AME) ;
- le groupe de contrôle du personnel, de la réglementation et du budget (PRB) ;
- le groupe des inspections spécialisées (IS).
Chaque groupe de contrôle est placé sous la responsabilité d'un contrôleur général des armées.
Les groupes de contrôle peuvent être composés de sections ou de pôles.
Des commissions de synthèse, réunies et présidées par les chefs de groupe ou leurs représentants, participent à titre consultatif à la cohérence et à la qualité des travaux du contrôle général des armées.
Lorsque la concentration des moyens le justifie, le contrôle peut être exercé sur une base territoriale, définie de façon permanente ou de façon occasionnelle.