Le contrôle général des armées est dirigé par un contrôleur général des armées, chef du contrôle général des armées, qui dirige également le corps militaire du contrôle général des armées et en assure la gestion et l'administration.
Le chef du contrôle général des armées dispose d'un adjoint, contrôleur général des armées, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.
Il dispose également d'un secrétaire général, membre du corps militaire du contrôle général des armées.
Le chef du contrôle général des armées peut être assisté de chargés de mission.