Le secrétariat général est chargé de la gestion des moyens nécessaires à l'exercice des missions du Commissariat général à l'égalité des territoires. Il définit, conformément aux exigences de mutualisation des moyens des services du Premier ministre, les conditions d'évolution de ces moyens. Il est responsable de la gestion des crédits du programme « impulsion et coordination de la politique d'aménagement du territoire » et en assure la coordination avec celle des crédits de la politique de la ville.