Lorsqu'il est désigné comme organisme principalement responsable de l'enquête, le BEA mer publie, dans les douze mois à compter du jour de l'accident, un rapport présenté conformément à l'annexe I de la directive 2009/18/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 avril 2009 établissant les principes fondamentaux régissant les enquêtes sur les accidents dans le secteur des transports maritimes et modifiant la directive 1999/35/CE du Conseil et la directive 2002/59/CE du Parlement européen et du Conseil.
Lorsque l'enquête ne concerne pas un accident de mer très grave au sens de l'article R. 1621-28 ou grave au sens de l'article R. 1621-29, et que ses conclusions ne sont pas susceptibles de conduire à la prévention d'événements de mer futurs, le BEA mer publie un rapport simplifié.
Au cas où le rapport final ne peut être produit dans le délai imparti, le BEA mer publie un rapport intermédiaire dans les douze mois à compter du jour de l'accident.
Une copie du rapport final et, le cas échéant, du rapport intermédiaire ou du rapport simplifié est envoyée par le BEA mer à la Commission européenne.