L'indemnité compensatrice mentionnée à l'article R. 1241-42 est calculée en fonction de la période restant à courir en application des dispositions de l'article L. 1241-6 en tenant compte :
1° Des frais et de la valeur nette comptable, nette des subventions reçues, des investissements utilement engagés pour l'exécution jusqu'au terme légalement prévu du service supprimé ou modifié qui ne seraient ni réaffectés par l'autorité organisatrice à d'autres services attribués à l'exploitant avant le 3 décembre 2009 ni réutilisés par ce dernier pour d'autres activités de transport dont il assure l'exécution ;
2° De la perte de bénéfice escompté de l'exécution du service supprimé ou modifié ;
3° Des autres préjudices pouvant résulter directement de la suppression ou de la modification ;
4° Le cas échéant, de la compensation reçue sous forme d'attribution d'activité en application de l'article R. 1241-43.
En cas de désaccord sur le montant de l'indemnité, il est fait recours à l'expertise contradictoire d'un tiers conjointement désigné par le syndicat ou l'autorité organisatrice de proximité et l'exploitant.