L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget. Il a la qualité de comptable public.
Le régime indemnitaire de l'agent comptable est celui prévu pour les agents de l'Etat par le décret n° 73-899 du 10 mai 1973 relatif aux indemnités de caisse et de responsabilité allouées aux agents comptables des services de l'Etat dotés d'un budget annexe et aux agents comptables des établissements publics nationaux. Les règles de cautionnement de l'agent comptable sont celles fixées par le décret n° 64-685 du 2 juillet 1964 relatif à la constitution et à la libération du cautionnement exigé des agents comptables publics.