La commission est présidée par le directeur général des finances publiques ou son représentant.
Elle élabore un règlement intérieur qui doit être soumis à l'approbation du ministre chargé du budget.
Le secrétariat de la commission est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président, contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint, et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.