Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat chargé des transports, de la mer et de la pêche dispose des services placés sous l'autorité de la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie ou dont elle dispose, notamment le secrétariat général de la mer, la direction générale de l'aviation civile, la direction générale des infrastructures, des transports et de la mer, la direction générale de l'aménagement, du logement et de la nature et la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture.
Les autres départements ministériels lui assurent, en tant que de besoin, le concours de leurs services.