Les secrétaires d'Etat reçoivent un traitement brut mensuel calculé par référence au traitement des fonctionnaires occupant les emplois de l'Etat classés dans la catégorie dite « hors échelle ».
Ce traitement est complété par une indemnité de résidence égale à 3 % de son montant et par une indemnité de fonctions égale à 25 % de la somme du traitement brut et de l'indemnité de résidence.