L'agrément est accordé dans le cadre de la spécialisation géographique suivante :
― région Rhône-Alpes (Ain, Drôme, Isère, Savoie, Haute-Savoie) ;
― région Provence-Alpes-Côte d'Azur (Alpes-de-Haute-Provence, Hautes-Alpes).
Le conservatoire botanique alpin assure également la coordination biogéographique des actions mises en œuvre par les conservatoires botaniques nationaux pour le territoire du massif alpin tel que défini par le décret n° 2004-69 du 16 janvier 2004 susvisé.