L'agrément est accordé dans le cadre de la spécialisation géographique suivante : région Franche-Comté (Doubs, Jura, Haute-Saône, Territoire de Belfort).
Le conservatoire botanique de Franche-Comté assure également la coordination biogéographique des actions mises en œuvre par les conservatoires botaniques nationaux pour le territoire du massif jurassien tel que défini par le décret n° 2004-69 du 16 janvier 2004 susvisé.