L'exploitant met en place un programme de surveillance de ses émissions dans les conditions fixées aux articles 50 à 53. Les mesures sont effectuées sous la responsabilité de l'exploitant et à ses frais.
Les méthodes de mesure, de prélèvement et d'analyse de référence en vigueur sont fixées par l'arrêté du 7 juillet 2009 susvisé ou, le cas échéant, selon les normes réglementaires en vigueur.
Au moins une fois par an, les mesures portant sur les rejets liquides sont effectuées par un organisme agréé par le ministre en charge des installations classées.
L'inspection des installations classées peut prescrire tout prélèvement ou contrôle qu'elle pourrait juger nécessaire pour la protection de l'environnement. Les frais y afférents sont alors à la charge de l'exploitant.