L'exploitant met en place un programme de surveillance de ses émissions dans les conditions fixées aux articles 52 et 53. Les mesures sont effectuées sous la responsabilité de l'exploitant et à ses frais.
Les méthodes de mesure, prélèvement et analyse, de référence en vigueur sont fixées par l'arrêté du 7 juillet 2009 susvisé
Au moins une fois par an, les mesures sont effectuées par un organisme agréé par le ministre en charge des installations classées, choisi en accord avec l'inspection de l'environnement, spécialité installations classées. L'inspection de l'environnement, spécialité installations classées, peut, à tout moment, réaliser ou faire réaliser des prélèvements d'effluents liquides ou gazeux, de déchets ou de sol, et réaliser ou faire réaliser des mesures de niveaux sonores.
Les frais de prélèvement et d'analyses sont à la charge de l'exploitant.