La gestion comptable et financière de l'établissement public de santé dénommé « centre hospitalier Annecy Genevois », issu de la fusion du centre hospitalier de la région d'Annecy et de l'hôpital intercommunal Sud Léman Valserine, est rattachée au comptable de la trésorerie du centre hospitalier d'Annecy (Haute-Savoie).