Les responsables de capitainerie sont nommés par arrêté du ministre chargé des transports, pour une durée maximale de cinq ans renouvelable, sans que la durée totale puisse excéder dix ans dans le même emploi.
Les fonctionnaires nommés dans cet emploi sont placés en position de détachement de leur corps d'origine.
La commission administrative paritaire du corps d'origine dont relève l'agent n'est pas consultée sur le placement en position de détachement.
Les intéressés peuvent se voir retirer cet emploi dans l'intérêt du service.
Lorsqu'un fonctionnaire en fin de détachement se trouve dans la situation d'obtenir, dans un délai égal ou inférieur à deux ans, la liquidation de ses droits à pension au taux maximum défini au I de l'article L. 13 du code des pensions civiles et militaires de retraite, une prolongation exceptionnelle de détachement sur le même emploi peut lui être accordée, sur sa demande, pour une période maximale de deux ans. Il en va de même pour un fonctionnaire se trouvant à deux ans ou moins de la limite d'âge qui lui est applicable.