Le nombre des emplois de responsable de capitainerie est fixé par arrêté conjoint du ministre chargé des transports, du ministre chargé de la fonction publique et du ministre chargé du budget.
La liste et la localisation de ces emplois sont fixées par arrêté du ministre chargé des transports. Cette liste est déterminée en fonction du niveau d'activité des ports considérés ainsi que des responsabilités particulières correspondant à chaque emploi.