I. ― La navigation est définie par le règlement général de navigation nationale, complété par des arrêtés préfectoraux spécifiques à certains aménagements. Toutefois, les préfets peuvent réglementer la navigabilité sur certains tronçons ou annexes, après avis du conseil scientifique.
II. ― Sur le Vieux Rhône, à l'amont du seuil des Molottes, la circulation des embarcations à moteur est interdite.
Les véhicules nautiques à moteur sont interdits sur l'ensemble de la réserve.
Ces dispositions ne s'appliquent pas aux personnes en charge de la gestion de la réserve naturelle, de la démoustication et au personnel du concessionnaire de l'aménagement du domaine public fluvial du Rhône, dans l'exercice de leurs fonctions.
III. ― La circulation des menues embarcations et leur accostage sont réglementés par le préfet, après avis du conseil scientifique.
IV. ― Conformément à la réglementation existante, la vitesse maximale autorisée est de 6 km/h sur le Vieux Rhône et de 18 km/h sur le reste du chenal de navigation.