Les conditions de fonctionnement des halles à marée sont fixées par un règlement d'exploitation établi conformément à l'article 12.
Le règlement d'exploitation d'une halle à marée, dit « règlement local d'exploitation » est arrêté par le préfet, sur proposition de l'organisme gestionnaire de la halle à marée. Lorsqu'il est commun à plusieurs halles à marée, le règlement d'exploitation, dit « règlement d'exploitation inter-halles à marée », est arrêté par le ou les préfets compétents, sur proposition conjointe des organismes gestionnaires des halles à marée concernées. Pour des motifs dûment justifiés, l'arrêté peut fixer des règles de fonctionnement spécifiques à l'une des halles à marée. Ces règles spécifiques ne peuvent pas être contraires aux règles générales de fonctionnement fixées par le règlement d'exploitation inter-halles à marée.
La publication de l'arrêté préfectoral fixant les conditions de fonctionnement d'une halle à marée et portant règlement d'exploitation vaut enregistrement de la halle à marée au sens des articles 59 à 63 du règlement (CE) n° 1224/2009 du Conseil du 20 novembre 2009.