La demande d'agrément des établissements utilisateurs, éleveurs ou fournisseurs d'animaux relevant de l'autorité ou de la tutelle du ministre de la défense, prévue à l'article R. 214-99 du code rural et de la pêche maritime, est transmise par le directeur de l'établissement à l'inspecteur technique des services vétérinaires des armées. La demande d'agrément comprend les éléments prévus à l'article 1er et à l'annexe I de l'arrêté du 1er février 2013 fixant les conditions d'agrément, d'aménagement et de fonctionnement des établissements utilisateurs, éleveurs ou fournisseurs d'animaux utilisés à des fins scientifiques et leurs contrôles.
L'inspecteur technique des services vétérinaires des armées peut demander toute pièce complémentaire ou faire procéder, sur site, à toute investigation qu'il juge nécessaire. Il transmet le dossier accompagné de son avis à l'inspecteur général des armées-armement pour les établissements relevant de l'autorité de la direction générale de l'armement ou à l'inspecteur général du service de santé des armées pour les établissements relevant de l'autorité du service de santé des armées. Sur le fondement de la délégation qu'ils tiennent du ministre de la défense, l'inspecteur général des armées-armement ou l'inspecteur général du service de santé des armées accordent par arrêté l'agrément à l'établissement demandeur et lui délivrent un numéro d'agrément ou lui notifient son refus.
Les inspecteurs généraux informent de la délivrance de l'agrément l'inspecteur technique des services vétérinaires des armées et, chacun pour ce qui le concerne, la direction générale de l'armement ou la direction centrale du service de santé des armées.