Chaque section de vote transmet les suffrages recueillis, sous pli cacheté accompagné d'un procès-verbal de recensement, à son bureau de vote de rattachement.
Dès qu'ils en disposent, les bureaux de vote procèdent au dépouillement de l'ensemble des suffrages. Lors du dépouillement du scrutin, ne sont pas comptabilisés dans les suffrages valablement exprimés et sont considérés comme nuls :
― les bulletins blancs ;
― les bulletins non conformes à ceux mis à disposition des électeurs ;
― les bulletins déchirés ;
― les bulletins comportant une mention, des surcharges ou des signes de reconnaissance ;
― les bulletins multiples trouvés dans une même enveloppe concernant différentes listes de candidats.
Les présidents des bureaux de vote consignent les résultats des opérations de dépouillement dans un procès-verbal. Les informations devant figurer dans le procès-verbal sont fixées par décision du directeur général de Voies navigables de France.
Dès l'établissement du procès-verbal, les présidents des bureaux de vote en transmettent, par voie électronique, une copie au président de la commission électorale concernée. Ils adressent ensuite par courrier le procès-verbal original et l'ensemble des votes à cette commission électorale.