Le conseil de perfectionnement est présidé par l'inspecteur général des affaires maritimes.
Outre son président, le conseil de perfectionnement est composé de :
1° Le directeur en charge des affaires maritimes ou son représentant ;
2° Le directeur en charge des pêches maritimes ou son représentant ;
3° Le directeur en charge de l'eau et de la biodiversité ou son représentant ;
4° L'inspecteur général de l'enseignement maritime ou son représentant ;
5° Le directeur interrégional de la mer pour la façade nord Atlantique, Manche ouest ou son représentant ;
6° Le commandant de l'école navale ou son représentant ;
7° Le directeur départemental des territoires et de la mer de la Loire-Atlantique ou son représentant ;
8° Le directeur départemental adjoint des territoires et de la mer, délégué pour la mer et le littoral de la Vendée ;
9° Le chef du département de droit public et des sciences politiques de l'université de Nantes ;
10° Deux personnalités qualifiées du secteur maritime ;
11° Deux administrateurs des affaires maritimes ayant quitté l'école depuis moins de dix ans ;
12° Un représentant des élèves administrateurs et un représentant des administrateurs stagiaires.