L'école est commandée par un officier supérieur du corps des administrateurs des affaires maritimes.
Il est nommé par arrêté du ministre chargé de la mer.
Il arrête le règlement intérieur de l'école.
Il fixe le contenu et le calendrier des différents cycles annuels de formation conformément au référentiel de formation.
Il détermine le régime des permissions dans le cadre des cycles annuels de formation.