Le service des affaires financières ministériel est chargé, pour le compte du secrétaire général, responsable de la fonction financière ministérielle, des missions suivantes :
1° Piloter la politique budgétaire du ministère. A ce titre, en liaison avec les responsables de programmes, il conduit la préparation, la programmation, l'exécution et le suivi du budget du ministère et les comptes rendus de gestion. Il veille à la transmission au ministère chargé du budget des informations relatives au périmètre des budgets opérationnels de programme et des unités opérationnelles ;
2° Définir et conduire la démarche de performance et de contrôle de gestion ministériel. Il coordonne l'élaboration des projets et rapports annuels de performance prévus par la loi organique du 1er août 2001. Il anime à cet effet le réseau ministériel des contrôleurs de gestion et assiste le secrétaire général sur les aspects budgétaires et financiers de la modernisation du ministère ;
3° Assurer la responsabilité de la mise en œuvre des dispositifs de contrôle interne ministériels : contrôle interne budgétaire, contrôle interne comptable ;
4° Définir l'organisation et le fonctionnement et garantir la qualité de la chaine d'exécution financière et comptable ministérielle. Le service financier ministériel veille notamment à la transcription financière des données et décisions budgétaires dans le système d'information et en assure le suivi ;
5° Exercer la synthèse stratégique des tutelles des établissements publics ou opérateurs relevant du ministère et assister les responsables de programmes dans leur mission de tutelle budgétaire et financière des établissements concernés ;
6° Assurer l'expertise et l'ingénierie budgétaire et financière des grands projets d'infrastructures et d'équipement du ministère ;
7° Contribuer, dans le cadre fixé par la mission ministérielle de gouvernance des systèmes d'information, à la cohérence des systèmes d'information budgétaire, financière et comptable ministériels ainsi qu'à leur évolution ;
8° Coordonner, pour le compte du ministère, les réponses aux communications de la Cour des comptes.