La sous-direction de l'administration territoriale est chargée des questions relatives à l'organisation territoriale de l'Etat. Elle attribue les moyens de fonctionnement des préfectures et sous-préfectures et s'assure de la performance de leur gestion. Elle veille au déploiement des démarches de qualité au sein du réseau des préfectures et sous préfectures.
Elle met en œuvre les mesures de modernisation des préfectures et sous-préfectures et anime les réflexions relatives à leurs missions. Elle suit les dossiers concernant la réforme de l'Etat.
Elle veille au respect des principes de l'organisation déconcentrée de l'Etat et assure la mise en œuvre et le suivi de la déconcentration.
Elle garantit la mise en œuvre des programmes relatifs à l'administration territoriale, hors police et gendarmerie, placés sous l'autorité du ministre.
Elle exerce une mission de coordination des mesures relatives à l'organisation et aux compétences des services déconcentrés de l'Etat dans les régions et les départements.
La sous-direction de l'administration territoriale comprend :
― le bureau de l'organisation et des missions de l'administration territoriale ;
― le bureau de la performance et des moyens de l'administration territoriale ;
― le bureau de l'action régionale et interministérielle de l'Etat.