Le directeur de la coopération internationale est assisté d'un directeur adjoint qui le supplée en cas d'absence.
Le directeur et le directeur adjoint disposent d'un cabinet, chargé notamment des fonctions de soutien, d'un centre de veille opérationnelle, d'une unité chargée de l'analyse prospective et des audits et d'une unité chargée de la communication.