14. La CNCDH est cependant consciente de ce que la question de l'indépendance du parquet ne résout pas la difficulté du système de procédure pénale français. Il ne faut en effet pas oublier que le parquet, comme le rappelle la Cour européenne des droits de l'homme, est également partie poursuivante au procès pénal où il porte l'accusation. Cette difficulté, qui pose aussi la question de l'unicité du corps judiciaire, entretient dans l'esprit du public une grande confusion qui risque de porter tort à la confiance en l'impartialité des juges. La nécessité d'une refonte profonde du système de procédure apparaît évidente mais ne saurait être faite dans la précipitation et impose une réflexion profonde et un débat impliquant juristes, professionnels, élus et société civile, ce qui n'empêche pas, en attendant que cette réforme puisse être mise en œuvre, que les mesures préconisées ici soient adoptées.
La CNCDH recommande qu'à l'occasion de l'examen du projet de loi n° 845 relatif aux attributions du garde des sceaux et des magistrats du ministère public en matière de politique pénale et d'action publique les articles 5 (25) et 43 (26) du statut de la magistrature soient modifiés et que l'indépendance des magistrats du parquet y soit inscrite. A cet égard, il semble nécessaire de supprimer les pouvoirs du garde des sceaux en tant qu'« autorité chargée de l'enquête et de l'instruction » (27).