Les informations enregistrées sont celles qui sont portées sur les trois certificats de santé dont les modèles sont fixés par les arrêtés susvisés, sauf celles relatives aux nom, prénom et jour de naissance de l'enfant, au jour de naissance de la mère et à l'adresse détaillée remplacée par le département de résidence.
Pour la constitution du fichier national, les services départementaux de protection maternelle et infantile transmettent annuellement par voie postale ou par voie électronique sécurisée les données des certificats de santé au titre de l'année écoulée sous forme de fichiers informatiques à la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques.
Après constitution du fichier national, les fichiers informatiques reçus sont détruits : un procès-verbal est établi après constatation de cette destruction par le médecin en charge dans cette direction de la supervision du traitement.
Une copie du fichier national est transmise par voie postale ou par voie électronique sécurisée à l'Institut national de la santé et de la recherche médicale, à l'Institut de veille sanitaire et aux agences régionales de santé.
Un extrait issu du fichier national concernant leur département est mis à la disposition des services de protection maternelle et infantile.