Le directeur du service est nommé par le ministre chargé de la culture, sur proposition du directeur général des patrimoines.
Il a qualité d'ordonnateur secondaire des recettes et des dépenses de fonctionnement du service ainsi que des crédits d'investissement qui lui sont délégués en matière de restauration des collections et de travaux d'entretien, de réparation et d'aménagement des immeubles et de leurs équipements.
Il est habilité à négocier et à passer des contrats et des marchés.
Il exerce son autorité sur l'ensemble du personnel.
Le comptable assignataire des recettes et des dépenses est le directeur régional des finances publiques d'Aquitaine.