La sous-direction du pilotage des programmes budgétaires anime et coordonne les actions liées au pilotage des programmes placés sous la responsabilité du secrétaire général pour l'administration.
Elle assure la programmation, la répartition et la mise à disposition des crédits et des emplois imputés aux programmes relevant de la responsabilité du secrétaire général pour l'administration ainsi que le suivi et le contrôle de leur exécution.
Elle exerce ses compétences en liaison avec la direction des affaires financières, la direction des ressources humaines du ministère de la défense ainsi que les responsables de budget opérationnel de programme.