Outre les directions et services mentionnés dans le décret du 5 octobre 2009 fixant les attributions et l'organisation du secrétariat général du ministère de la défense susvisé, le secrétaire général dispose, pour l'exercice de ses attributions, des organismes suivants, qui lui sont directement rattachés :
― la délégation à l'accompagnement des restructurations ;
― la sous-direction du pilotage des programmes budgétaires ;
― la délégation pour le regroupement des états-majors, directions et services centraux du ministère de la défense ;
― la délégation des systèmes d'information d'administration et de gestion ;
― la mission des achats du ministère de la défense ;
― la mission d'aide au pilotage ;
― la mission communication ;
― la mission d'audit interne ;
― la cellule management ;
― le coordonnateur central à la prévention ;
― la commission consultative médicale des anciens combattants et victimes de guerre ;
― l'Observatoire de la santé des vétérans.
En outre, il dispose d'un cabinet et, en tant que de besoin, de directeurs de projet, d'experts de haut niveau et de chargés de mission.