La direction de la navigabilité comprend, outre le conseiller « navigabilité initiale », les deux sous-directions suivantes :
1° La sous-direction « réglementation navigabilité » ;
2° La sous-direction « contrôle de la navigabilité ».
Les sous-directeurs sont nommés sur proposition du directeur de la sécurité aéronautique d'Etat, après avis des autorités mentionnées au I de l'article 3 du décret n° 2013-366 du 29 avril 2013 susvisé.